コンシューマー版、アニメ版、ノベル版、コミック版、ソーシャル版、アプリ版、ドラマCD版などは基本的にそれぞれパラレルのストーリーなので時系列や設定に一貫性は無く、人間関係などに変化が生じている場合もある。
アニメ版(OVA除く)とコミック版(Sperk以外)はコンシューマー版とのつながりは基本的には無いと思われる。ソーシャル版のNewWave(Gバースト含む)とアプリ版のシノビマスターNewLinkはコンシューマー版とは違う、また別のパラレルストーリーである。
シナリオや飛鳥、焔、雪泉、雅緋のセリフを考慮するとアプリ版のシノビマスターNewLinkのストーリーはSV(紅蓮隊編)の後の時系列の可能性がある。
クリスマスの描写を考慮するとアニメ版のSHINOVI MASTERのストーリーは年末の時系列の可能性があるが、SVの出来事の時系列と合わない。少なくとも秋頃までに飛鳥と焔達が雪泉と雅緋達に会わないといけないのでストーリーの整合性が破綻する。
3DS版のナンバリングシリーズ作品群は「真影&紅蓮(Burst)→真紅」の系列、Vita&PS4版のバーサスシリーズ作品群は「SV(証明)→EV(選択)」の系列で、シナリオが繋がると言われる作品の順は「Burst(蛇女ルート)→SV(月閃ルート)→EV」と公式に言われている。
SV、EVの百花繚乱記、真紅DLC追加任務2はパラレルストーリー、デカ盛り、シノビリフレ、PEACH BALLは公式に外伝と言われているが、SVの百花繚乱記(大道寺、凛除く)→デカ盛り→EVの百花繚乱記(ジャスミン、両姫除く)と、キャラクターによっては繋がりがあると思われる場面がある。
「PBS」のシナリオでは「Burst→SV→EV」ルートに「真紅」と「NWGバースト」のキャラクターが交わり、ストーリーに関わるシーンがある。
コミック版「閃乱えんじ☆きょにゅう組」はギャグマンガ作品なので他のシリーズとは全く繋がらず関わり合いが無いが、作品内の凛と霧夜のノリはPBSのMiss RとMr.Kに通じるものがある。ちなみに月光と閃光はアプリのシノビマスターのPBSイベントでJr.GとJr.Sと名乗っている。
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