ifルート分岐条件

最終話前には、「エンデルート」「ホープスルート」のシナリオ分岐が存在する。

特定条件を満たしておくことで、第49話開始前のホープスとの会話時に専用の選択肢が出現。（2周目以降は無条件で選択肢が出る）選んだ選択肢によって、今後のシナリオ展開が変化する。

最終話前のシナリオ分岐条件

1. 第24話：甲児または鉄也でガラダブラを撃墜して+1
2. 第28話：マジンガーZEROをターン経過で撤退させるのではなくHPを３万以下にして撤退させ、甲児または鉄也で暗黒大将軍を撃墜してクリア時に両者の撃墜数合計が80以上+1
3. 第48話：『魔神双皇撃』で闇の帝王を撃墜で+2。クリア時点でエースパイロットが25人以上いれば+3

上記のポイントが5以上で、第49話開始前に選択肢が発生。
選択肢で「今後、想像を絶する敵が来ると思う。」を選べば、ホープスルートに進むことができる。
「マスター達ならば、きっと勝てると思う」を選んだ場合は、エンデルートへの進行となる。
前作と違いグレートエースは必要ない。

※エースパイロットについて：敵の総撃墜数60機以上がエースパイロットの条件。エースプラウドを利用して条件を達成しても問題ない。