※バグなのか仕様なのかは、プレイヤーでは判断が困難なので編集には注意してください
バグ 
3DS版にて以下のバグがある模様。PSP版でも同様の現象を確認。
※バンダイナムコゲームステーションからの回答より抜粋。
弊社ニンテンドー3DS用ソフト「ロストヒーローズ」の件につきまして、
本製品では、以下(1)〜(5)のいずれかの操作を行うと、
「待機メンバー」の獲得した経験値(ステータス情報の「NEXT」の項目に表示される数値です。)が、リセットされます。
(1)メインパーティに加入している任意のキャラクターから、「装備品」または「フォース」を「はずすor変更」する。
(2)「待機メンバー」のキャラクターをメインパーティに加入させ、
そのキャラクターの「装備品」または「フォース」を「はずすor変更」する。
(3)「拠点」画面から「ブリーフィングルーム」→「セーブ」の順にお進み頂き、
データをセーブして、ソフトを終了する。
(4)中継地点でセーブする。
(5)キャンプメニュー「中断セーブ」でセーブする。
誠に恐れ入りますが、こちらはお客様のソフトのみに発生する異常等ではなく、
また、「待機メンバー」が、待機中にレベルアップした場合に、レベルアップ状態がリセットされたり、
メインパーティに加入しているキャラクターの経験値に影響したりする事はございませんので、何卒ご了承下さい。
また、以下のような事例も報告されている。
?パーティーが戦闘することで待機メンバーが経験値を獲得する。
↓
?パーティーが拠点に戻る。
↓
?パーティーが再度キューブに向かい戦闘を行う。
この流れで行動した際?の時点、?の時点の両方で待機メンバーだったキャラは、?の時点で得ていた経験値がリセットされる。
(?の時点でパーティーメンバーだったキャラ、及び?の時点で編成が行われ?の時点でパーティーメンバーに
編入されているキャラでは?の時点で獲得した経験値のリセットは確認されていない)
なお、フォースや装備品の変更だけでなく、スキルの習得を行った場合もリセットが起きる
バグ 
カジノでエースキラーを倒すとボガールの撃破数にカウントされる
カジノでヒルカメレオンを倒すとボガールモンスの撃破数にカウントされる
PSP版で確認