サブクエスト 
いくつ受けても大丈夫。(受注しておいて問題ない)
メニューのクエスト確認で確認できる。
本編を進めれば自然と出る。
サブクエストのイベントで出現する敵はザコの時よりもかなり強くなっているので注意
01-狙われた街 
条件:
報酬:つるつるの皮x3
場所:ビギンズ・キューブ-中央地区-北東
必要キャラ:なし
- ビギンズ・キューブ-中央地区-北東(3×3の9マスの小部屋)
- ビギンズ・キューブ-西地区-回復拠点から西の通路
メトロン星人とバトル
02-セルメダルの収集 
条件:
報酬:バッタカンドロイド
場所:ビギンズ・キューブ-中央地区
必要キャラ:なし
- ビギンズ・キューブ-中央地区
白ヤミーを倒すごとに10枚セルメダルが手に入る
※屑ヤミーでは手に入らないので注意
- 100枚集める
03-幻の怪獣 
条件:
報酬:白銀の髭x3
場所:ビギンズ・キューブ-中央地区-南西
必要キャラ:ウルトラ戦士
- ビギンズ・キューブ-中央地区-南西
ウーとバトル
04-マグアナックの依頼 
条件:
報酬:なし(Zガンダムのスキル開放)
場所:デザート・キューブ-流砂地区-南東
必要キャラ:Zガンダム
- デザート・キューブ-流砂地区-南東
マグアナックと話す
- アントラーの巣のあった位置へ向かう
- モールイマジンx3とバトル
ハイパーメガランチャーが手に入る
05-謎のモビルスーツ 
条件:ジ・O撃破後出現
報酬:蜘蛛の糸、切れない粘糸
場所:デザート・キューブ-荒野地帯
必要キャラ:Zガンダム
- デザート・キューブ 荒野地帯の北西へ向かう
ハンブラビ、マグマ・D、アイスエイジ・Dとバトル
06-サイコミュ兵器 
条件:ジ・O撃破後出現
報酬:なし(νガンダムのスキル開放)
場所:デザート・キューブ-軍事基地 西部
必要キャラ:νガンダム、Zガンダム
- デザート・キューブ-軍事基地-回復地点のすぐ近くの空き部屋(宝箱がなかった部屋)で箱を調べる
- 南部(入れなかった扉の先)を探索する(νとZ両方とも育てていない場合は探索だけでもキツイので注意)
- 最奥の部屋でヤクト・ドーガとバトル
扉の前に立つとバトルになるので先に回復しておくこと
クリアすることでνガンダムがフィン・ファンネル装備型にパワーアップ
07-2体のモビルドール 
条件:巨大ヤプール撃破後
報酬:プラネイトディフェンサー
場所:デザート・キューブ-軍事基地-東
必要キャラ:ウィングゼロ
デザート・キューブ-軍事基地-東
08-クレージーゴン討伐 
条件:巨大ヤプール撃破後
報酬:なし
場所:デザート・キューブ-流砂地区-南
必要キャラ:ダブルオー
デザート・キューブ-流砂地区-南
09-アントラー、再び 
条件:巨大ヤプール撃破後
報酬:なし(サブクエスト10、11開放)
場所:デザート・キューブ-廃墟地帯中央部
必要キャラ:なし
- デザート・キューブ-廃墟地帯中央部-CBキャンプの左下
マグアナックと話す
- さらに左下で戦闘
アントラー HP8235
全体暗闇攻撃を使ってくるのでロックオンがあると戦いやすい
クリアするとNo10、No11のサブクエストが受注できるようになる
10-奇妙な訪問者 
条件:09-アントラー、再びクリア
報酬:なし
場所:アジト・キューブ-採石場南-墓場
必要キャラ:ウルトラマン
アジト・キューブ-採石場南-墓場
11-哀しみの王子 
条件:09-アントラー、再びクリア
報酬:RXのスキルツリー開放
場所:ビギンズ・キューブ-西地区
必要キャラ:仮面ライダーBLACKRX
12-オーライザーの回収 
条件:サブクエスト08クリア、ウルトラキューブ第三層到達
報酬:ダブルオーのスキルツリー開放
場所:アジト・キューブ-研究所-B1階
必要キャラ:ダブルオー
- アジトキューブ中継地点1の近くにいるマグアナックに話しかける
- アジトキューブ研究所B1階、中継地点1からスタートして
ショートカットを通る→1歩進んだ右の扉に入る→そのまま進んで分かれ道にきたら左に行き突き当たり右のドアに入る
部屋に入るとアヘッド&アヘッドスマルトロンと戦闘。勝利するとクリア
13-噂の大盗賊団 
条件:ウヴァ撃破
報酬:電王のスキルツリー解放
場所:ウルトラ・キューブ-第4層-宝物庫
必要キャラ:電王
- ダメージ床地帯からいけるリフトから第4層に降り少し進むとガオウと戦闘
攻撃力がかなり高く、HP700以下では単体スキル1発で即死する威力なので出現直後に行くときついかもしれない
倒せばクリア
25-復活のグリード 
条件:ウヴァ撃破
報酬:俊敏の結晶、魔力の結晶、運気の結晶
場所:ウルトラ・キューブ-第2層-リング部屋
必要キャラ:オーズ
- ウヴァと戦闘した部屋に行くとウヴァ、ガメル、メズールと戦闘になる
ボス三体と同時戦闘なので出現直後に行くとかなり厳しい
メズールが炎弱点なのでそこを突いて数ターンで沈められれば多少マシになる
ウヴァは直前に戦ったときとほぼ同じだが初戦闘のガメルの攻撃力が高いので注意
なお、ここにくるまでに雑魚で出るマスカレイド・ドーパントと
リジェスファイトで戦うグランザイラス、カブトヤミーのチップを手に入れていれば
ガメルを倒せばチップドロップ率UPのフォースを入手できるので多少無理する価値はある