概要 
アジト・キューブまで行くと拠点で開放されるダンジョン。
ストーリー本編からは独立しており、入る度に構造が変化する。
- フロアをいくつか進むと強敵フロアに辿り着き、その先に宝箱1つと帰還ゲートがある。
- フロア数はキューブのレベルで決まり、最大で3フロアの突破で強敵フロアに辿り着くようになっている。
- 強敵を倒してクリアする度に、キューブの内容が変わる。
- 登場する敵の傾向や罠の多さ、アイテムの出現のしやすさが確認できる。
- クリアする度にキューブの経験値が貯まり、レベルが7まで上昇する。
1ならビギンズ、2ならデザート……と、本編登場順のキューブに相当するザコとエンカウントする。
キューブ最深部の強敵には、次のレベルのザコか特定のボスキャラが登場する。
- 3DS版ではすれちがい数に応じてランクが上がる。最初のランクは星1つ。
ランクが高いとレアアイテムの獲得率が高いダンジョンが出現しやすくなる。
攻略法 
本編同様回復アイテムを用意し、セーブしてから挑むこと。
危険だと思ったらリターンすることも大事。
キューブのレベルが上がると稼ぎにくくなり、PTの戦力以上の敵と出会う可能性もある。
開始して最初の戦闘で知らない敵がいたら、明らかに進め過ぎです本編に戻りましょう。
(新規チップ→フォース獲得のため、あえて先取りする手もあるが)
中盤のレベルから先は、キューブ全体を回るとアイテムが余裕で一杯になる。
リターンでキューブのレベル上昇を抑え、目当ての素材や1フロア1個ペースで入手できるアクティブクロークを採り続けるのも手。
ダメージ床が意外と多いので、ダメージ床を軽減するフォースがあると楽になる。
ミノフスキークラフトは有効歩数が少ないので微妙かもしれない。ないよりはマシだが。