サブクエスト 
いくつ受けても大丈夫。(受注しておいて問題ない)
メニューのクエスト確認で確認できる。
本編を進めれば自然と出る。
サブクエストのイベントで出現する敵はザコの時よりもかなり強くなっているので注意
01-狙われた街 
条件:
報酬:
場所:ビギンズ・キューブ-中央地区-北東
必要キャラ:
- ビギンズ・キューブ-中央地区-北東(3×3の9マスの小部屋)
- ビギンズ・キューブ-西地区-回復拠点から西の通路
メトロン星人とバトル
02-セルメダルの収集 
条件:
報酬:
場所:ビギンズ・キューブ-中央地区
必要キャラ:
- ビギンズ・キューブ-中央地区
白ヤミーを倒すごとに10枚セルメダルが手に入る
※屑ヤミーでは手に入らないので注意
- 100枚集める
03-幻の怪獣 
条件:
報酬:
場所:ビギンズ・キューブ-中央地区-南西
必要キャラ:
- ビギンズ・キューブ-中央地区-南西
ウーとバトル
04-マグアナックの依頼 
条件:
報酬:なし
場所:デザート・キューブ-流砂地区-南東
必要キャラ:
- デザート・キューブ-流砂地区-南東
マグアナックと話す
- アントラーの巣のあった位置へ向かう
- モールイマジンx3とバトル
ハイパーメガランチャーが手に入る
05-謎のモビルスーツ 
条件:ジ・O撃破後出現
報酬:蜘蛛の糸、切れない粘糸
場所:デザート・キューブ-荒野地帯
必要キャラ:Zガンダム
- デザート・キューブ 荒野地帯の北西へ向かう
ハンブラビ、マグマ・D、アイスエイジ・Dとバトル
06-サイコミュ兵器 
条件:ジ・O撃破後出現
報酬:なし
場所:デザート・キューブ-軍事基地 西部
必要キャラ:νガンダム、Zガンダム
- デザート・キューブ-軍事基地-回復地点のすぐ近くの空き部屋(宝箱がなかった部屋)で箱を調べる
- 南部(入れなかった扉の先)を探索する(νとZ両方とも育てていない場合は探索だけでもキツイので注意)
- 最奥の部屋でヤクト・ドーガとバトル
扉の前に立つとバトルになるので先に回復しておくこと
クリアすることでνガンダムがフィン・ファンネル装備型にパワーアップ
07-2体のモビルドール 
条件:
報酬:
場所:デザート・キューブ-軍事基地-東
必要キャラ:
デザート・キューブ-軍事基地-東
08-クレージーゴン討伐 
条件:
報酬:
場所:デザート・キューブ-流砂地区-南
必要キャラ:
デザート・キューブ-流砂地区-南
09-アントラー、再び 
条件:
報酬:
場所:デザート・キューブ-廃墟地帯中央部
必要キャラ:
- デザート・キューブ-廃墟地帯中央部-CBキャンプの左下
マグアナックと話す
- さらに左下で戦闘
10-奇妙な訪問者 
条件:
報酬:
場所:アジト・キューブ-採石場南-墓場
必要キャラ:
アジト・キューブ-採石場南-墓場
11-哀しみの王子 
条件:
報酬:
場所:ビギンズ・キューブ-西地区-墓場
必要キャラ:
12-オーライザーの回収 
条件:サブクエスト08クリア、ウルトラキューブ第三層到達
報酬:ダブルオーのスキルツリー開放
場所:アジト・キューブ-研究所-B1階
必要キャラ:ダブルオー
- アジトキューブ中継地点1の近くにいるマグアナックに話しかける
- アジトキューブ研究所B1階、中継地点1からスタートして
ショートカットを通る→1歩進んだ右の扉に入る→そのまま進んで分かれ道にきたら左に行き突き当たり右のドアに入る
部屋に入るとアヘッド&アヘッドスマルトロンと戦闘。勝利するとクリア
13-噂の大盗賊団 
条件:
報酬:
場所:ウルトラ・キューブ-第4層-宝物庫
必要キャラ:
ウルトラ・キューブ-第4層-宝物庫