概要 
アジト・キューブまで行くと拠点で開放されるダンジョン。
ストーリー本編からは独立しており、入る度に構造が変化する。
- フロアをいくつか進むと強敵フロアに辿り着き、その先に宝箱1つと帰還ゲートがある。
- フロア数はキューブのレベルで決まり、最大で3フロアの突破で強敵フロアに辿り着くようになっている。
- クリアする度にキューブの内容が変わる。
- 登場する敵の傾向や罠の多さ、アイテムの出現のしやすさが確認できる。
- クリアする度にキューブの経験値が貯まり、レベルが7まで上昇する。
- 3DS版ではすれちがい数に応じてランクが上がる。最初のランクは星1つ。
ランクが高いとレアアイテムの獲得率が高いダンジョンが出現しやすくなる。
攻略法 
ストーリー進行中はPTの戦力以上の敵と出会う可能性もある。
回復アイテムを用意してセーブして挑むこと。
ストーリーと同じで、危険だと思ったらリターンするのも大事。
ダメージ床が意外と多いので、ダメージ床を軽減するフォースがあると楽になる。
ミノフスキークラフトは有効歩数が少ないので微妙かもしれない。ないよりはマシだが。