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コンシューマー版、アニメ版、ノベル版、コミック版、ソーシャル版、アプリ版、ドラマCD版などは基本的にそれぞれパラレルのストーリーなので時系列や設定に一貫性は無く、人間関係などに変化が生じている場合もある。
アニメ版(OVA除く)とコミック版(Sperk以外)はコンシューマー版とのつながりは基本的には無いと思われる。ソーシャル版のNewWave(Gバースト含む)とアプリ版のシノビマスターNewLinkはコンシューマー版とは違う、また別のパラレルストーリーである。
シナリオや飛鳥、焔、雪泉、雅緋のセリフを考慮するとアプリ版シノビマスターNewLinkのストーリーはSV(紅蓮編)の後の世界線を元にした可能性がある。
シナリオを考慮するとアニメ版シノビマスターのストーリーはSV(半蔵編)の後の世界線を元にした可能性がある。
一話冒頭のクリスマスの描写を考慮するとアニメ版SHINOVI MASTERのストーリーは年末の時系列の可能性があるが、SVの出来事の時系列と合わない。
少なくとも秋頃までに飛鳥と焔達が雪泉と雅緋達に会わないといけないのでストーリーの整合性が破綻する。
また二話冒頭でPBS会場に行く前に叢が前にも似た同じ事があったと言っており、これはOVA水着だらけの前夜祭の事だと考えられるが時系列が逆なのでこちらも整合性は無い。
五話では神楽たち巫神楽と雪泉、雅緋たちがすでに知り合いと思われる掛け合いがあるが、いつどこで会ったのかは不明。
六話冒頭と劇中の回想でSVに似た出来事は秋頃に起きたようだが、このアニメの時間軸は他とは異なる独立した世界線の可能性。
六話、七話の回想で描写されたが、このアニメは恐らくSV半蔵編をベースにSV月閃編の設定も合わせて時間軸も改変した世界線と思われる。
七話の黒影の回想で、雪泉は黒影の息子夫婦の子供の描写であったが、SVでは黒影の娘夫婦の子供の描写なので矛盾点がある。
ちなみに神楽が回想の始めを語りだしたが、当時、転生の珠状態の神楽が何故に黒影の過去を知っているかは不明。
アプリでもアニメでも雪不帰と雪泉は子供の頃の時代に黒影と一緒にいたという話題があるが、BRN氷王編とPBSまでの物語の間に、黒影や雪泉などが雪不帰の存在を匂わせる発言等は一切無い。
BRNのDLC氷王編とDLC深淵編は後に続くと思われる物語、SVのどのルートにも繋がらない描写が多い。雪泉が自分で正義とは何かを考え納得する事、雅緋の禁伝忍法が深淵血塊から血界突破に変更されている事、等SVの出来事とは矛盾点が多く見られる。
3DS版のナンバリングシリーズ作品群は「真影&紅蓮(Burst)→真紅」の系列、Vita&PS4版のバーサスシリーズ作品群は「SV(証明)→EV(選択)」の系列で、シナリオが繋がると言われる作品の順は「Burst(蛇女ルート)→SV(月閃ルート)→EV」と公式に言われている。
SV、EVの百花繚乱記、真紅DLC追加任務2はパラレルストーリー、デカ盛り、シノビリフレ、PEACH BALLは公式に外伝と言われているが、SVの百花繚乱記(大道寺、凛除く)→デカ盛り→EVの百花繚乱記(ジャスミン、両姫除く)と、キャラクターによっては繋がりがあると思われる場面がある。
「PBS」のシナリオでは「Burst→SV→EV」ルートに「真紅」と「NWGバースト」のキャラクターが交わり、ストーリーに関わるシーンがある。
コミック版「閃乱えんじ☆きょにゅう組」はギャグマンガ作品なので他のシリーズとは全く繋がらず関わり合いが無いが、作品内の凛と霧夜のノリはPBSのMiss RとMr.Kに通じるものがある。ちなみに月光と閃光はアプリのシノビマスターのPBSイベントでJr.GとJr.Sと名乗っている。
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