5-01 蛇女子学園、奪還戦 
初回プレイは4-08からセーブを挟んで連続で行う。
初回プレイは焔で固定。飛鳥と1対1で戦う。誰が挑んでも最初から忍転身した状態にで始まる。
木箱の中身は左側が牛乳瓶2個、忍法ゲージ1本、右側が牛乳パック2個と忍法ゲージ1本。
入手した忍法ゲージがそのまま秘伝忍法に使えるのがミソ。ボス戦ではX秘伝の方がダメージを稼げるが、
焔はY秘伝『魁』を壁際でぶつける方が大ダメージを狙いやすい。
5-02 富も栄誉も敵わぬ友情
初回プレイは5-01からセーブを挟んで連続で行う。
初回プレイは詠で固定。斑鳩と1対1で戦う。誰が挑んでも最初から忍転身した状態で始まる。
木箱の中身は左側が牛乳パック2個、忍法ゲージ1本、右側が牛乳パック2個。
詠のX秘伝は横軸を合わせて使えば全弾命中するので、積極的にダウンをさせて位置取りをする事。
普段の戦いもY空撃ちのX派生で遠くから射撃しての飛翔乱舞で相手の攻撃を受けにくい。
5-03 魂は知っている
初回プレイは5-02からセーブを挟んで連続で行う。
初回プレイは日影で固定。葛城と1対1で戦う。誰が挑んでも最初から忍転身した状状態で始まる。
狭い和室での戦闘。木箱の中身は左側が牛乳瓶2個、牛乳パック1個、右側が忍法ゲージ1本、牛乳パック1個。
スライディングによる飛翔連閃が簡単に決まる日影だが、秘伝忍法共々横軸を合わせないと上手く決まらない点に注意。
X秘伝は壁際か近距離で使えば多く当てられる。
5-04 銃弾が紡ぐミライ
初回プレイは5-03からセーブを挟んで連続で行う。
初回プレイは未来で固定。誰が挑んでも最初から忍転身した状態で始まる。
左側のタイヤから牛乳パック3個を入手。右側の木箱から牛乳パックを3個入手できる。
地上Xのカウンターが使えると心強い。相手の起き上がり時に仕掛けておき、近接攻撃に反撃して怯ませる事ができる。
続けざまに秘伝忍法を発動できるが、Y秘伝は銃身の半分あたりから未来の体までに攻撃判定が無いため、至近距離では使えない点に注意。
X秘伝でも大ダメージになるが、空中とX秘伝が一体多数の挙動をするため、5発全てをお見舞いできるY秘伝を使う方がダメージ量が多くなる。
攻撃中に範囲外に逃げられても、発射中に左右方向の向きだけは変えられるので忘れない事。
5-05 慈愛の果てに
初回プレイは5-04からセーブを挟んで連続で行う。
初回プレイは春花で固定。誰が挑んでも最初から忍転身した状態で始まる。
マップが左右に長い。左側の巻藁から牛乳瓶2個、右側の木箱から牛乳瓶1個を入手。
軸を合わせて試験管を投げつければ倒すことは可能。下手に飛翔連閃を狙うよりもこの方が安全な場合があるが、
突然飛び込んで来たり忍兎を召喚したりとやりたい放題な相手なので注意が必要。
春花のX秘伝は自分の周囲にいる敵の体力をどんどん減らしていく。壁際に追い詰めてから使うと範囲外に逃がさなくなり強力。
フルヒットで40連閃。その間に衣装破壊が割り込んで途切れてしまう場合もあるが……。
5-06 最期を焦がす炎
初回プレイは5-05からセーブを挟んで連続で行う。
初回プレイは焔で固定。初回プレイのみボス戦で『紅蓮の焔』に変化する。
また、誰が挑んでも最初から忍転身した状態で始まる（ただし、クリア後に焔で挑んだ場合は任務達成まで通常の焔で戦う）。
この任務は『飛鳥・最終戦』『詠戦』『日影戦』『未来戦』『春花戦』を連続でこなす。
ボス戦の合間に雑魚敵を相手取る戦闘があるが、基本的に一直線。なお、雑魚敵との戦闘は忍転身した焔で行う。
飛鳥・最終戦から春花戦を終え、エンディングを見るまで途中セーブが一切ないので注意して臨むこと。
再挑戦すると飛鳥・最終戦からやり直しになる。
飛鳥・最終戦は相手の体力がかなり高くなっているが、紅蓮の焔は攻撃力も手数も多いため飛翔連閃で簡単に削ることができる。
秘伝忍法は基本的にX秘伝で。Y秘伝は2往復程度で終了してしまうため封印してもいい。
左の鯱から牛乳瓶、右の鯱からドリンクを入手できる。
なお、前作（真影）の最終戦と異なり、主題歌がフルバージョンで流れる。
飛鳥を撃破すると雰囲気が一転、怨楼血の胎内で雑魚敵を倒しながら進み、所定の位置に付くとイベントが発生し、蛇女の面々と戦う。
（草原を進む場面は焔のまま。スキップされるイベントは飛鳥戦だけなので、以降は手動で飛ばす必要がある）
ここで出現する雑魚敵は体力が尽きるとすぐに消滅するため、連閃数は稼げない。
この後に出現する蛇女メンバーは秘伝忍法を使用する（Y、Xとも確認）。称号『百花繚乱』の獲得に必要なので見逃さないこと。
秘伝忍法使用時の背景はY、X共に赤色。
5マップ進むと詠と戦闘。マップ左右にある木箱から牛乳パックを3個ずつ入手できる。
詠との戦闘後、3マップ進むと日影と戦闘。マップにある木箱から牛乳瓶を3個入手できる。
日影との戦闘後、3マップ進むと未来と戦闘。左側の木箱から忍法ゲージ1本と牛乳パック1個、右側の木箱から牛乳パック2個、牛乳瓶1個を入手できる。
未来との戦闘後、2マップ進むと春花と戦闘。左側の木箱から牛乳パック1個、右側の木箱から牛乳パック2個とドリンクを入手できる。
それぞれ雑魚戦とボス戦の開始時に体力ゲージと衣装ゲージは全回復し、忍法ゲージはリセットされるので
温存は考えずに秘伝忍法を惜しまず使おう。
春花戦を終えるとイベントが進行してエンディング。ここに来てようやく任務の結果画面になり、経験値や評価が与えられる。
エンディング後、必ずセーブすること。クリアデータが保存されないばかりか不意に電源が落ちるなどした時に飛鳥・最終戦からやり直しになってしまう。
任務をクリアすると更衣室での追加要素が解禁され、忍部屋が再び使えるようになるとともに『紅蓮の焔』を使用できるようになる。
『紅蓮の焔』を使用するためには、交代画面か忍ノ花園で焔にカーソルを合わせてLボタンまたはRボタン。
キャラ性能が向上するが、任務達成後の画面でないと数値を確認できない。
5-07 生きていた最強の忍
初回プレイは5-06からエンディングとセーブを挟んで連続で行う。
エンディング後、いきなりイベントが進行して発生する任務。
詠、日影、未来、春花、焔の順で戦闘が始まり、任務選択画面で誰が挑んでも戦う順番が固定されている。
アイテムが配置されていない。忍転身して体力を全回復できるのでここぞという時まで温存しておきたいところ。
それぞれのキャラで相手の体力を0にすると次のキャラでの戦闘に移る。
5人全員で相手を倒すと任務達成。それぞれのキャラに経験値と評価が与えられる。
忍部屋に戻れるようになっているため、どうしても勝てなければ中断して他の任務で段位を上げて出直すこと。
任務をクリアすると隠しキャラを使用することができるようになり、忍ノ花園でそのキャラの容姿を変更できる。
変更は該当キャラにカーソルを合わせてLボタンまたはRボタン。
5-08 半蔵学院大運動会
真影の『制限時間付き任務の訓練』に飛鳥との戦闘が追加されたような任務。制限時間12分以内に飛鳥を倒せば任務達成。
半蔵学院を1階から3階まで交戦しつつ移動していき、屋上の右端まで進んでから飛鳥と戦う。
制限時間は飛鳥戦に引き継がれるので、道中でタイムロスをした分だけ不利になってしまう。
1階の途中からロボットが出始め、他の敵にしても体力が高いので秘伝忍法を惜しみなく使って進め。
5-09 闇夜の取引を追え
5-10 湯煙の中にライバル
5-11 ガチンコ上等
砂浜から一本道の終点までを交戦と移動で走破していく任務。
3マップ目を終えると破壊可能なオブジェクトが登場。監視台から忍法ゲージ1本を入手。
砂浜では3マップごとに大型の敵が増える。3マップ目では1体だが、6マップ目では2体になる。
6マップ目を終えると木箱から経験値＋500を2個、看板から牛乳瓶1個を入手。坂道を駆け上がり舞台2に移動する。
舞台2からはリーダーキャラが登場。1体だけ別の親衛隊なのですぐに分かる。
舞台2の2マップ目を終えると自転車から経験値＋500を4個入手。
3、4マップ目は未来の親衛隊が相手。それぞれリーダー不在。
5マップ目は画面内に大型の敵が所狭しと現れるため、袋叩きにされる前に秘伝忍法で勝負を決めたい。
5マップ目を終えると自転車から経験値＋500を7個入手。木箱からドリンクを入手。
その後、画面奥に進むと柳生と戦闘になる。マップ中の木箱から牛乳パック4個と、左奥の木箱から牛乳瓶が入手できる。
柳生を撃破すれば任務達成。
5-12 忍兎あぐれっしぶ
忍の隠れ里と竹林の広場までを交戦と移動で走破していく任務。
傀儡と戦いながら進んでいく。3マップ目からリーダーキャラが出現する。
5マップ目は巨大傀儡が相手。倒した後で木箱から経験値＋500を6個と牛乳瓶1個を入手できる。マップ奥に進むと舞台2に移動。
舞台2からは狭い道で大型の敵を相手取ることになる。1マップ目ではロボット、2マップ目ではロボットが2体同時に出現する。
2マップ目終了時、木箱からドリンクを入手。
3マップ目からは巨大傀儡が相手。続く4マップ目で2体になり、最後の5マップ目でロボットと巨大傀儡が1体ずつ現れる。
これを撃破後、木箱から牛乳瓶を1個入手。
広場にたどり着くと画面が切り替わり、雲雀と戦闘になる。マップに配置されている巻藁は全て牛乳パック。合計6個。
雲雀を撃破すれば任務達成。
5-13 紅蓮の如く舞い散れ！
半蔵学院の屋上で、忍学生5人を相手に連続で戦う任務。
斑鳩→葛城→柳生→雲雀→飛鳥の順に戦う。こちらは1戦目の時点で忍転身していない。
画面右側の木箱から忍法ゲージを2本、左側の木箱から牛乳瓶1個、経験値＋500を2個、ドリンクを1個入手できる。
アイテムは戦闘を終えるごとに再配置される。5連戦するだけにかなりの経験値を獲得できるが、戦闘ごとに回収すれば
総計5000の経験値になる。
第5章前半の個人戦よりも相手の体力、攻撃力共に高くなっており、飛鳥は最終戦の時と同様に緑色のオーラを放っている。
5-14 伝説の大道寺先輩現る！
大道寺先輩を倒せば任務達成。真影と異なりキャラ個人で戦う。
……だが、マップに巨大傀儡が4体配置されており、多段ヒットする剣での攻撃をされているうちに
体力がものすごい勢いで削られていく。始まってすぐ、後側に敵がいるため開始早々に大道寺先輩の秘伝忍法を見ることも
ありうるので、十分に段位が上がっていても油断しないこと。
巨大傀儡は体力も攻撃力も今までの比では無く、X秘伝を何度も当ててようやく倒す事ができる程。
リミットブレイクで敵を吹き飛ばし、1体ずつ攻撃して忍転身、その後は秘伝忍法を使って傀儡から撃破していくと楽。
マップには牛乳パック、忍法ゲージ、ドリンクと一通り揃っているため、近くの敵をダウンさせた後で木箱を破壊して回収すること。
大道寺先輩は必ず受け身を取って体勢を立て直すため、基本的にダウンしない。
こちらも体力、攻撃力が非常に高く、秘伝忍法はもちろんリミットブレイクが致命傷になりかねない。
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