テキストと読みが異なる 
『行列のできるラーメン屋』の日影と葛城の会話にて
「あいつらはわしに任しとき」と表示されるが、日影は「〜任せとき」と話している。
テーマ曲のはずが……
蛇女子メンバーが忍転身した時に流れるBGMは蛇女編の資料室で聴く事ができない。
これらの曲は前作（真影）で該当キャラと戦闘する際に登録され、半蔵編の資料室でしか聴く事ができない。
他、紅蓮の焔を選択した時の『運命〜忍の掟〜』も同様。
決戦任務と命駆
第5章の半蔵メンバーと決着をつける任務では命駆状態になっても忍装束を着たまま戦う。
しかし、隠しキャラは水着になる。
敵も命駆（命懸け）
スクール水着の敵は「命駆だもの！」という台詞を口にする場合がある。
どの属性で攻撃を受けても比較的大ダメージなあたり、敵も命駆なのだろう。
過去の出来事
1-01から1-04までの出来事は2年もしくは1年前の話で、過去のものである。
このため、初回のみ各キャラは登場時にその時点での学年が表示される。
（日影が1（2）年、詠と焔が1年、春花が2年。クリア後に同じキャラで再度挑んでも、現在の学年に書き換えられている）
体操服と長スカート
秘立蛇女子学園では体操服を着る事ができるキャラは春花（雲雀の忍装束）と
未来（秘立蛇女子学園制服、またはデフォルトの忍装束）の二人しかいない。
一方、半蔵学院では長スカートこそ該当キャラがいないものの、5人全員が体操服（ジャージ含む）を着る事ができる。
雲雀の目について
4章で雲雀が蛇女子学園に転校するが、この間、彼女の目に映る模様が変わっている（通常時を『 ＋ 』だとすると蛇女子転校中は『 × 』）。
4-01『あやしいヒトミ』で雲雀と戦う時に確認しやすく、任務の名前に相違ない。
4-04『雨降って地固まる』のイベントCGでも模様は変わっておらず、5-01『蛇女子学園、奪還戦』のイベントCGで元に戻っている。
登場シーン
焔のみ操作キャラとボスキャラで登場シーンが異なる。
他の四人は前作でボスキャラだった時と同様。
なお、前作では『紅蓮の焔』へ変貌するのが忍転身扱いだったが、Burst収録の真影では「忍、転身！」の台詞がカットされている。
資料室のパソコン
よく見ると分かるが、パソコンのモニターに表示されているのは画像26。
キャラがブレる
忍部屋でキーを下に入れたままにしておくと、画面前方に移動したキャラが突然ブレる。
そのため、残念ながら前を向いた状態で胸が揺れるのを眺める事はできない。
春花と春香
春花の名前は前作『真影』の公式バイブルやアニメの公式サイトでも誤植が発生している。
（アニメ公式サイトでは公開時に春香の名前だったが、数日後に春花に直った）
ちなみに未来の一人称は「あたし」だが、アニメ公式サイトでは「私」となっている。
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