※バグ情報募集中です。スレで既出のものでも、ページ未記載のものはコメントに報告願います。*1※
ゲーム進行に支障をきたすバグ 
画面がブレて表示される
画面(背景)がガクガクと揺れたように表示される
3DS本体の電源を切り、再起動すると直る事が多い。
転身時スキップ時に、画面が白い状態で停止する
忍転身をボタンでスキップした際に、画面が白いままの事がある
転身ムービーをボタン連打でスキップすると、復帰時に上画面が白いままになる事がある。
詳細は不明だが、連打しなければ発生しない？
敵の出現が異常で、任務を完了できない
出るはずの敵が出現しない、あるいは攻撃できない場所に敵が出現する
(蛇女3-6)
おそらく秘伝忍法で画面外から敵を瞬殺したのが原因ぽい
3回目やり直して敵を全員画面に表示して（もしくは画面の右端まで移動して）から倒したら
でかいピンクのロボットを倒した時点で任務終了になった
バグのときはこの画面からさらに右側（何かよくわからない標識が立ってるところより右）にいけるように
なって、坂の上を上る途中でとまる。敵もでないので何も出来ない、って現象になる。
3-6だけかもしれないけど、敵は全員確認してから倒した方が無難っぽいので今後このルートを通る方は注意してね
蛇女2-13で敵が進行中のマップより上の道に出現しちゃったんだけど、これって既出？
空中秘伝忍法でも届かなかったから諦めたよ。
など。
具体的な条件は不明だが、戻ってみてもダメなようなら中止するしかない。
ゲーム進行に支障はないか、あっても軽微なバグ
エフェクトや倒した敵がその場に残り続ける
ガスやピヨピヨマークなどの表示が、キャラクター消滅後も残る
ガスなどの場合でも当たり判定は消失しているので、問題ない。
空中で倒した敵も、その場に残る事がある。
その場合は全撃破扱いにならないが、大抵は一呼吸遅れて消滅する。
問題点はマップ切り替え時に連閃が途切れやすい事くらい。
技表が転身後のものになっている
閃乱属性解禁後、陽乱属性を選択すると発生。
通常攻撃が忍転身後のものになるが、もちろん転身しない状態でそれらの技を繰り出す事はできない。
忍転身すると技表とキャラの挙動が対応する。
倒した敵が消えずに残ってしまう
攻撃した敵が空中で固まってしまい、落ちてこない場合がある。
落ちてくる途中でマップの背景に引っかかってしまうようで、発生する条件などは不明。
蛇女子メンバーの忍装束が通常とは異なるものになる
以下の手順を踏むと発生。
【その1】
・忍部屋が使える状態のセーブデータが1つある状態で、最初から始めるを選択し新規のセーブデータを作る。このデータには手を付けずに一度タイトル画面へ戻る。
・忍部屋が使える方のセーブデータを読み込み、蛇女子学園（紅蓮）の忍部屋で記録画面を選択し、作ったデータを読み込む。
真影/紅蓮ともにプレイもしていないが、新しく作ったデータでは焔を操作でき、蛇女子学園の忍部屋に入ることができる。
蛇女のキャラが5人いるが、話しかける事ができない。また、交代画面では真影のキャラ5人と交代する。交代すると以降は焔は操作できなくなる。
（呼び名は蛇女のキャラに置き換えられるが、操作キャラは半蔵の5人）
任務表示画面では真影の1-04『盗まれた財布を取り返せ』のみが表示される。交代していない場合は焔がこの任務に挑戦できる。
この任務はノベルパートが真影2-01『葛城の自主訓練』のもの、アクションパートが紅蓮1-04『誘惑しちゃうぞ』のものとなっている。敵を全滅すれば任務達成。
この任務をクリアしても他の任務が増えないため、以降は【その2】を参照。
【その2】
この新規データを読み込む側が真影の忍部屋だった、または紅蓮で読み込んだ後、他のデータを起動して半蔵編から読み込んだ場合、
この任務はノベルパートが正しいものになるが、キャラが地面に埋まった状態で始まる。
よく見るとカメラが徐々に上へ移動しており、見えない状態でも攻撃などは可能。
こちらもダメージを受けるが少し経つとキャラが画面に現れて普段通りの操作を受け付ける。
紅蓮で読み込んだ場合と異なり、『静かに熱く』が流れる。
敵が空から湧いたり画面外から爆弾が飛んでくるが、敵の布陣は紅蓮1-04『誘惑しちゃうぞ』と同じ。
また、クリアすると任務が増えるが、いずれも敵が出現せず任務達成できない。
『セクハラのお仕置き』
葛城で固定。通常のノベルパートの後、任務では『己を信じて』が流れる。
『ぬいぐるみを賭けた勝負』
柳生で固定。通常のノベルパートの後で任務開始。敵が出現しない。
『雲雀の補習』
雲雀で固定。通常のノベルパートの後、任務では『じっちゃんの名にかけて』が流れる。
『校内の風紀を守れ』
誰でも挑戦できるが、敵が出現しない。普段は進めない体育館の壇上に立つ事ができ、
『ニジマスの優劣とかブラックホールの優劣とか青少年の健全な生殖行動について』と書かれた幕を確認できる。
『未成年の飲酒を取り締まれ』
誰でも挑戦できるが、敵が出現しない。
各任務で流れるBGMは中断しても資料室に登録されるため、真影の資料室（音楽）をいくつか埋める事ができる。
また、この方法でデータを読み込むと紅蓮側の成績で撃破した敵の数が65560体（春花が65536体撃破した扱い）になり、秘伝忍法を128回使った事に（これも春花の使用回数扱い）なっている。
このままでは増えた任務でも何も起こらないが、紅蓮側の記録画面でデータを読み込むと変化が起こる。【その3】を参照。
【その3】
任務が2つ以上になった状態で記録し、再び別のデータから紅蓮側でこの記録を読み込むと、任務が置き換わる。
他の蛇女メンバーを操作した後、忍部屋で更衣室を使用可能になるが、こちらも交代すると操作キャラから外れるので注意。
どのキャラを選択しても戦績画面で紅蓮の焔が現れるが、能力値や成長値は対応したキャラのものになっている。
『セクハラのお仕置き』
未来で固定。真影2-03『蛇女忍軍を迎撃せよ』のノベルパートの後、紅蓮1-05『はじめての一歩』のアクションパートに移る。
『ぬいぐるみを賭けた勝負』
未来で固定。真影3-01『ひと夏の過ち』のノベルパートの後、紅蓮1-06『もやしつくすまで』のアクションパートに移る。
『雲雀の補習』
詠で固定。真影3-02『雲雀の単独潜入』のノベルパートの後、紅蓮1-07『お仕事請け負い！』のアクションパートに移る。
『蛇女子学園からの刺客』
日影で固定。真影3-03『雲雀の転校』のノベルパートの後、紅蓮1-08『本能を呼び覚ませ』のアクションパートに移る。
『校内の風紀を守れ』
紅蓮1-11『嵐の予感だけ』のアクションパートと同様。
『未成年の飲酒を取り締まれ』
紅蓮1-14『走れ少女たち』のアクションパートと同様。
ここでは撃破した敵の数と秘伝忍法の使用回数が称号の獲得条件を満たしていれば装飾品が追加される。
半蔵学院にも装飾品が増え、更衣室が半蔵学院のものなので、称号『秘伝忍法皆伝』獲得後に追加される
『じっちゃんの太巻き』は蛇女の面々も装備できる。
ただし、詠がこれを装備した状態で資料室に入ろうとすると3DSの再起動を要求される。
（日影で同じ装備をしても資料室に入ることができたため、おそらく詠だけの現象と思われる）
【その2】【その3】ともに、音量を設定しようとすると何も表示されなくなり3DSの再起動が必要になる。
蛇女子メンバーの衣装については【その4】を参照。
【その4】
この方法でゲームを起動すると蛇女キャラの忍装束が置き換えられており、デフォルトの忍装束以外にも他のメンバーの忍装束を着る事ができる。
ここ以外の場所（忍ノ花園や各シナリオの更衣室）で、当該の衣装を選択すると正しいものを着用するため元に戻せなくなる。
色の変更は本編中でも可能。忍装束の欄でキー左右の操作をするだけ。
以下は各キャラに割り当てられている衣装の種類で、()内は実際に着用するもの。
衣装を変更した状態で本編を開始することができるが、
焔は詠の忍装束が呼び出されている間は5-06『最期を焦がす炎』の任務が始まらずに3DSの再起動を要求されるので注意。
紅蓮は4-06から忍部屋が使えなくなるが、メインメニューの『忍ノ花園』で衣装を変更できるため対策は可能。
| キャラ | 制服 | 水着 | 忍装束 | 装飾品 |
|---|
| 焔 | 国立半蔵学院制服（デフォルト） | オシャレなビキニ水着（デフォルト） | 国立半蔵学院 忍装束（デフォルト）
戦国巫女装束（詠の忍装束） | ショートウィッグ（プチ・シルクハット） |
| 詠 | ねこパジャマ（デフォルト） | ほっこりタオル（デフォルト） | 戦国巫女装束（デフォルト）
変装着ぐるみ（日影の忍装束） | ショートウィッグ（プチ・シルクハット/赤色） |
| 日影 | 少女ワンピース（デフォルト） | どでかシャツ（デフォルト） | 変装着ぐるみ（デフォルト）
バーストガールズ制服（未来の忍装束） | ショートウィッグ（プチ・シルクハット） |
| 未来 | 国立半蔵学院ジャージ（デフォルト） | 新型スクール水着（デフォルト） | バーストガールズ制服（デフォルト）
ポップアップメイド（春花の忍装束） | ショートウィッグ（プチ・シルクハット） |
※（デフォルト）は最初からキャラが着ている衣装。名称と異なるが蛇女子学園制服とスタイリッシュな水着、蛇女子学園忍装束の3種。
※春花は強制的に挑む任務がないため対象外
【その他】
この状態を記録しても、メインメニュー（忍部屋でBボタン）から、またはタイトル画面でこの記録を読み込み、
各シナリオを選択すればそれぞれ最初からプレイできる。
・本編開始時にそれまでの段位や成績などが保存される。
・変化した忍装束は他のものに着替えなければそのまま使える。焔はエラーが出るのであしからず。
・じっちゃんの太巻きはオシャレメガネなどを装備すれば外せる。ただし、再び装備することは不可能になる。
・この方法で任務達成すると、本編では強制的に挑むキャラこそ指定されるものの、選択肢でイベントを飛ばす事ができる（出現時点で評価がついている）。
・首から下が変化するのは焔（詠の忍装束）のみで、他の3人はきちんと着用している模様。
（未来が春花の忍装束を着てもバストに変化は起こらない。逆に、日影が未来の忍装束を着ても胸が小さくならない）
・本編開始後、蛇女は音量設定で音声の部分が65と表記されるがキー左右の操作で元に戻せる。
・資料室は真影のものが反映されるため、敵が出ない状態の任務や蛇女メンバーで挑んで忍転身すれば、音楽を登録できる。
（画像もノベルパートを飛ばさずにいれば登録できる）
・そのため、日影の衣装を変更できるまで進めてから半蔵編を始めると、忍部屋にいるキャラクターの話が3章時点のものになる。
（任務は1-01だけにも関わらず、雲雀がいなくなったという旨の会話をする。雲雀の操作は可能）
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