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第一章
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| 番号 | 鍵 | 名称 | 出現条件 | 初回キャラ | 成功条件 | 目標 | 難易度 | 制限時間 | クリア報酬 |
| 1-01 | 金 | 戦闘訓練授業 | オープニング後 | 飛鳥 | 傀儡を全滅させろ | 敵全滅 | 1 | - | BGM：忍修行 |
| 1-02 | 銀 | 雲雀の秘伝忍法書奪還 | 1-01クリア | 飛鳥 | 雲雀の巻物を取り返せ | 敵から雲雀の秘伝忍法書を奪還 | 1 | - | 装飾品：インテリメガネ |
| 1-03 | 銀 | 迷惑な不良を懲らしめろ | 1-01クリア | 斑鳩 | 不良生徒を撃退しろ | 敵全滅 | 1 | - | |
| 1-04 | 金 | 盗まれた財布を取り返せ | 1-03クリア | 飛鳥 | 女盗賊を追え | 敵全滅 | 1 | - | 画像：26・27 用語：半蔵 |
| 1-05 | 銀 | セクハラのお仕置き | 1-03クリア | 葛城 | 不良生徒を撃退しろ | 敵全滅 | 1 | - | 装飾品：キツネ耳セット |
| 1-06 | 銀 | ぬいぐるみを賭けた勝負 | 柳生 | 雲雀を倒せ | 雲雀撃破 | 1 | - | BGM：バカにしないで！ | |
| 1-07 | 銀 | 雲雀の補習 | 雲雀 | 制限時間内に傀儡を全滅 | 時間内に敵全滅 | 1 | 06:00 | ||
| 1-08 | 金 | 蛇女子からの刺客 | 1-05〜1-07クリア | 飛鳥 | 蛇女の学生を倒せ | 焔撃破 | 2 | - | |
| 1-09 | - | 密室での戦闘訓練 | 1-01クリア | - | 傀儡を50体破壊しろ | 敵50体撃破 | 1 | - | |
| 1-10 | - | 商店街の不良を撃退しろ | 1-02クリア | - | 不良生徒を撃退しろ | 敵全滅 | 1 | - | |
| 1-11 | - | 校内の風紀を守れ | 1-03クリア | - | 時間内に不良を撃退しろ | 時間内に敵敵全滅 | 1 | 05:00 | |
| 1-12 | - | 制限時間式任務の訓練 | 1-05クリア | - | 制限時間内に屋上への到達 | 時間内にゴール到達 | 2 | 10:00 | |
| 1-13 | - | USBメモリ奪還の任 | 1-06クリア | - | USBメモリを奪還せよ | 敵からアイテム奪還 | 2 | - | |
| 1-14 | - | 未成年の飲酒を取り締まれ | 1-07クリア | - | 不良生徒を撃退しろ | 敵全滅 | 2 | - |
| 番号 | 鍵 | 名称 | 出現条件 | 初回キャラ | 成功条件 | 目標 | 難易度 | 制限時間 | クリア報酬 |
| 2-01 | 金 | 葛城の自主トレーニング | 葛城 | 時間内に巻藁を30本破壊 | 1 | 05:00 | |||
| 2-02 | 銀 | 大好きなひばり | 柳生 | 雲雀のために戦え | 1 | - | |||
| 2-03 | 金 | 蛇女忍軍を迎撃せよ | 悪忍を全滅させろ | 2 | - | ||||
| 2-04 | 銀 | 斑鳩 対 詠 | 斑鳩 | 詠を倒せ | 2 | - | |||
| 2-05 | 銀 | 葛城 対 日影 | 葛城 | 日影を倒せ | 2 | - | |||
| 2-06 | 銀 | 柳生 対 未来 | 柳生 | 未来を倒せ | 2 | - | |||
| 2-07 | 銀 | 雲雀 対 春花 | 雲雀 | 春花を倒せ | 2 | - | |||
| 2-08 | 銀 | 飛鳥 対 焔 | 飛鳥 | 焔を倒せ | 2 | - | |||
| 2-09 | - | 悪忍討伐任務 | - | 悪忍を80体倒せ | 1 | - | |||
| 2-10 | - | 下町の悪忍を撃退しろ | - | 悪忍を全滅させろ | 2 | - | |||
| 2-11 | - | 闇に溶ける忍 | - | 悪忍を全滅させろ | 2 | - | |||
| 2-12 | - | 月明かりに映える刺客 | - | 悪忍を全滅させろ | 3 | - | |||
| 2-13 | - | 通学路の安全を確保しろ | - | 悪忍を全滅させろ | 3 | - | |||
| 2-14 | - | 温泉街の悪忍を退治せよ | - | 悪忍を全滅させろ | 3 | - |
| 番号 | 鍵 | 名称 | 出現条件 | 初回キャラ | 成功条件 | 目標 | 難易度 | 制限時間 | クリア報酬 |
| 3-01 | 金 | ひと夏の過ち | 制限時間内に敵全滅 | 2 | 06:00 | ||||
| 3-02 | 金 | 雲雀の単身潜入 | 雲雀 | 悪忍を全滅させろ | 2 | - | |||
| 3-03 | 金 | 蛇女子学園への潜入 | 雲雀 | 春花を倒せ | 3 | - | |||
| 3-04 | 金 | 超秘伝忍法書の行方 | 飛鳥 | 焔を倒せ | 2 | - | |||
| 3-05 | 銀 | 雲雀の転校 | 柳生 | 未来を倒せ | 2 | - | |||
| 3-06 | 金 | 蛇女の掟 | 雲雀 | 春花を倒せ | 3 | - | |||
| 3-07 | 銀 | 蛇女子学園の授業 | 雲雀 | 悪忍を全滅させろ | 3 | - | |||
| 3-08 | 金 | 雲雀の居場所 | 飛鳥 | 悪忍を全滅させろ | 3 | - | |||
| 3-09 | - | 熱砂の攻防 | - | 悪忍を全滅させろ | 2 | - | |||
| 3-10 | - | 湯けむりに紛れた影 | - | 悪忍を全滅させろ | 2 | - | |||
| 3-11 | - | 奪われた御神体を取り戻せ | - | 御神体を奪還せよ | 3 | - | |||
| 3-12 | - | 波と共に去りぬ | - | 木箱を25個壊せ | 3 | - | |||
| 3-13 | - | 機密データ奪還作戦 | - | USBメモリを奪還せよ | 4 | - | |||
| 3-14 | - | 影の在る所、乱あり | - | 悪忍を全滅させろ | 4 | - |
| 番号 | 鍵 | 名称 | 出現条件 | 初回キャラ | 成功条件 | 目標 | 難易度 | 制限時間 | クリア報酬 |
| 4-01 | 金 | 善と悪の境界線 | 飛鳥 | 焔に化けた霧夜を倒せ | 3 | - | |||
| 4-02 | 金 | 陰の超秘伝忍法書の試練 | 飛鳥 | 悪忍を全滅させろ | 3 | - | |||
| 4-03 | 銀 | 飛鳥の特訓 | 飛鳥 | 陰の超秘伝忍法書の入手 | 3 | - | |||
| 4-04 | 銀 | 斑鳩の特訓 | 斑鳩 | 制限時間内に敵全滅 | 3 | 08:00 | |||
| 4-05 | 銀 | 葛城の特訓 | 葛城 | 大岩を全て破壊 | 3 | - | |||
| 4-06 | 銀 | 柳生の特訓 | 柳生 | 敵を100体倒せ | 3 | - | |||
| 4-07 | 銀 | 雲雀の特訓 | 雲雀 | 一定時間生き残れ | 3 | 03:00 | |||
| 4-08 | - | 獅子身中の悪忍 | - | 悪忍を全滅させろ | 3 | - | |||
| 4-09 | - | 校内浄化運動 | - | 不良生徒を撃退しろ | 4 | - | |||
| 4-10 | - | 空への脱走 | - | 時間内にヘリポート到達 | 4 | 08:00 | |||
| 4-11 | - | 秘湯の決闘 | - | 悪忍を全滅させろ | 4 | - | |||
| 4-12 | - | ザコ山強盗団再び！ | - | 盗賊を倒せ | 4 | - | |||
| 4-13 | - | 落日の序曲 | - | 悪忍を全滅させろ | 5 | - | |||
| 4-14 | - | 無限の剣閃 | - | 悪忍一定数討伐 | 5 | - |
| 番号 | 鍵 | 名称 | 出現条件 | 初回キャラ | 成功条件 | 目標 | 難易度 | 制限時間 | クリア報酬 |
| 5-01 | 金 | 蛇女子学園、攻略戦 | 4-08クリア | 飛鳥 | 悪忍を全滅させろ | 敵全滅 | 4 | - | |
| 5-02 | 銀 | 初めての感情 | 5-01クリア | 葛城 | 日影と決着をつけろ | 日影撃破 | 4 | - | |
| 5-03 | 銀 | 本当の友達 | 5-02クリア | 雲雀 | 春花と決着をつけろ | 春花撃破 | 4 | - | |
| 5-04 | 銀 | 持つ者と持たざる者 | 5-03クリア | 斑鳩 | 詠と決着をつけろ | 詠撃破 | 4 | - | |
| 5-05 | 銀 | 孤独の末路 | 5-04クリア | 柳生 | 未来と決着をつけろ | 未来撃破 | 4 | - | |
| 5-06 | 金 | 戦いの果てに | 5-05クリア | 飛鳥 | 焔と決着をつけろ | 焔撃破 紅蓮の焔撃破 | 5 | - | BGM：運命〜忍びの掟〜 BGM：乱れ咲き（ループVer） |
| 5-07 | 金 | 忍の道 | 5-06クリア | 飛鳥 | 怨楼血を倒せ | 怨楼血撃破 | 5 | - | 忍装束：ライバルの忍装束 画像：38 BGM：決戦狂想曲 BGM：真影 称号：忍者師範 |
| 5-08 | 銀 | 伝説の大道寺先輩登場！ | 飛鳥 斑鳩 葛城 柳生 雲雀 | 大道寺先輩を倒せ | 各キャラで大道寺先輩撃破 | 5 | - | 隠しキャラが使用可能になる BGM：激・熱・舞 称号：拳鬼撃破 | |
| 5-09 | - | 己が信念のままに… | 4-08クリア | - | 悪忍を全滅させろ | 4 | - | ||
| 5-10 | - | 最恐の守護者たち | 4-08クリア | - | 悪忍を全滅させろ | 4 | - | ||
| 5-11 | - | 勝者なき戦い | 5-01クリア | - | 一定時間ヘリポートを守れ | 5 | 04:00 | ||
| 5-12 | - | 刹那を駆ける | - | 解毒薬を取り返せ | 5 | - | |||
| 5-13 | - | 国宝の護符を探し出せ | - | 護符を奪還せよ | 5 | - | |||
| 5-14 | - | 閃乱、舞い忍ぶ！ | - | 蛇女子学園の5人組を倒せ | 5 | - |
