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第一章
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| 番号 | 名称 | 出現条件 | 初回キャラ | 成功条件 | 目標 | 難易度 | 制限時間 | クリア報酬 |
| 1-01 | 戦闘訓練授業 | - | 日影 | 傀儡を全滅させろ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 1-02 | 腹が減っては… | - | 日影 | 詠を倒せ | 詠撃破 | 2 | なし | - |
| 1-03 | 弱肉強食なり | - | 焔 | 上級生を倒せ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 1-04 | 誘惑しちゃうぞ | - | 春花 | 後輩を厳しく指導しろ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 1-05 | はじめての一歩 | - | 未来 | 傀儡を全滅させろ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 1-06 | もやしつくすまで | - | 未来 | 胸を弾ませて頑張れ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 1-07 | お仕事請け負い！ | - | 詠 | 傀儡を全滅させろ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 1-08 | 本能を呼び覚ませ | - | 日影 | 後輩を蹴散らせ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 1-09 | 自主訓練 | - | - | 巻藁を20本破壊しろ | 巻藁20本破壊 | 1 | なし | - |
| 1-10 | 瞬発力向上プログラム | - | - | 短時間で全員倒せ | 敵全滅 | 1 | 3:00 | - |
| 1-11 | 嵐の予感だけ | - | - | 50人倒せ | 敵50体撃破 | 1 | なし | - |
| 1-12 | カツいれるで | - | - | 後輩を厳しく指導しろ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 1-13 | あれがないと大変 | - | - | USBを奪還しろ | 敵を撃破して USBメモリ入手 | 1 | なし | - |
| 1-14 | 走れ少女たち | - | - | 時間内にゴールへ到達 | 制限時間内に敵全滅後、 マップ移動してゴールする | 1 | 2:00 | - |
| 番号 | 名称 | 出現条件 | 初回キャラ | 成功条件 | 目標 | 難易度 | 制限時間 | クリア報酬 |
| 2-01 | 炎上注意報 | - | 未来 | 春花のテストをクリアしろ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 2-02 | お残しは許しません | - | 詠 | 大会で他を黙らせ優勝しろ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 2-03 | 打ち勝て未来 | - | 焔 | 未来をはげませ | 未来撃破 | 4 | なし | - |
| 2-04 | 過去との決別 | - | 未来 | トラウマを克服しろ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 2-05 | ドキ！忍だらけの温泉旅行 | - | 焔 | 休むのも仕事のうちだ | 柳生撃破 | 4 | なし | - |
| 2-06 | 行列のできるラーメン屋 | - | 日影 | ズルい奴らを倒せ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 2-07 | 主婦たちの戦場 | - | 詠 | 盗賊団を成敗しろ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 2-08 | 出づる混沌の狂気 | - | 春花 | 超秘伝忍法書を持ち帰れ | 制限時間内に敵全滅後、 マップ移動してゴールする | 5 | 10:00 | - |
| 2-09 | リベンジマッチ | - | - | 先輩を蹴散らせ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 2-10 | メディカルチェック | - | - | 後輩を蹴散らせ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 2-11 | 盗まれた巻物 | - | - | 巻物を取り返せ | 制限時間内に 敵を倒して巻物入手 | 1 | 3:30 | - |
| 2-12 | 逆襲のどすこい | - | - | スケバン軍団を倒せ | 敵全滅 | 1 | なし | - |
| 2-13 | 電光石火のススメ | - | - | 時は一刻を争う | 制限時間内に敵全滅後 マップ移動してゴールにする | 2 | 7:00 | - |
| 2-14 | 炎を極めし者たち | - | - | 親衛隊を鍛えろ | 敵全滅 | 3 | なし | - |
| 番号 | 名称 | 出現条件 | 初回キャラ | 成功条件 | 目標 | 難易度 | 制限時間 | クリア報酬 |
| 3-01 | 詠 対 斑鳩 | - | 詠 | 斑鳩を倒せ | 斑鳩撃破 | 4 | なし | - |
| 番号 | 名称 | 出現条件 | 初回キャラ | 成功条件 | 目標 | 難易度 | 制限時間 | クリア報酬 |
| 4-01 | あやしいヒトミ | - | 春花 | 雲雀を倒せ | 雲雀撃破 | 4 | なし | - |
| 番号 | 名称 | 出現条件 | 初回キャラ | 成功条件 | 目標 | 難易度 | 制限時間 | クリア報酬 |
| 5-01 | 蛇女子学園、奪還戦 | - | 焔 | 蛇女子学園に乗り込め | 飛鳥撃破 | 4 | なし | - |
| 5-02 | 富も栄誉も敵わぬ友情 | - | 詠 | 斑鳩と決着をつけろ | 斑鳩撃破 | 4 | なし | - |
| 5-03 | 魂は知っている | - | 日影 | 葛城と決着をつけろ | 葛城撃破 | 4 | なし | - |
| 5-04 | 銃弾が紡ぐミライ | - | 未来 | 柳生と決着をつけろ | 柳生撃破 | 4 | なし | - |
| 5-05 | 慈愛の果てに | - | 春花 | 雲雀と決着をつけろ | 雲雀撃破 | 4 | なし | - |
| 5-06 | 最期を焦がす炎 | - | 焔 （各ボス戦の間は紅蓮の焔） | 怨楼血の呪縛を断ち切れ | 飛鳥撃破 詠撃破 日影撃破 未来撃破 春花撃破 | 4 | なし | - |
| 5-07 | 生きていた最強の忍 | - | 詠 日影 未来 春花 焔 | 凛を倒せ | 凛撃破 | 4 | なし | - |
