ゲーム起動時、前作『少女達の真影』では『Marvelous Entertainment Inc.』(マーベラスエンターテイメント)と男性の声で企業名が語られたが、今作は『Marvelous AQL』(マーベラスAQL)と女性の声で語られる。 これは『少女達の真影』発売(2011年9月22日)後、2011年10月1日に他の企業と合併して現在のマーベラスAQLに社名が変わっているため。
このゲームは前作『少女達の真影』も収録されているが、タイトル画面では『紅蓮の少女達』が出るため、各キャラクターが前作のタイトルコールをすることはない。また、解禁前でも各シナリオの隠しキャラが喋る。
『任務開始』『任務達成』『進め(進撃)』『昇段』など、任務の最中に聞こえる声は、それぞれのシナリオに登場する隠しキャラのもの。隠しキャラ自身が任務に挑んでいても変わらない。
タイトル画面で記録を読み込むとき、選択後に台詞を言うキャラは一番下の記録で最後にセーブしたキャラ。記録3を好きなキャラで記録しておけば、タイトル画面から記録を選んだ時にそのキャラが喋る。
発動時にキャラと反対方向へキーを入力すると、ムービーの後でキャラがその方向へ秘伝忍法を使う。 ただし、いくつかの秘伝忍法はキー操作が無効、または無意味なので注意。
L+RとSTARTまたはSELECTボタンを押すとソフトリセットがかかり、タイトル画面まで戻ることができる。
このゲームにはスクリーンショットの機能がついていない為、画面を撮影しようとすると外部カメラでの撮影が基本となる。 ただ、アクションパートの撮影は、アクションしつつカメラを構えるなどのアクロバティックな体位が要求されるため、そのままでは敷居が高い。 そこで、以下の方法で画面を撮影すれば、シビアなタイミングの画像も撮りやすい。
これで、保存は出来ないものの、一時停止状態で画面を表示することが出来る。 存分にカメラを使ってくれて構わない。ただし、3D表示は非対応?のようだ。
前作(真影)ではBGMの作曲者・編曲者が表示されていなかったが、今作はどちらのシナリオでも 各楽曲の作曲者・編曲者の情報が表記されている。 (乱れ咲き(オープニング)、真影(エンディング)を除く。これらは前作時点でキャストが表記されていた)
操作キャラが着ている衣装が会話パートに登場するキャラに反映される。 (焔が秘立蛇女子学園冬服を着ている状態で1-05『はじめての一歩』に挑んだ場合、 未来が別の制服を着ていても会話パートでは焔と同じ制服になる) 装飾品は各キャラそれぞれが装備しているものを反映する。 そのため、焔(秘立蛇女子学園冬服)、未来(秘立蛇女子学園制服)という状態で二人が 会話パートに登場するイベントでは、操作キャラが着ているどちらかに統一される。
この仕様は前作から変わっておらず、真影でも婦警制服とパジャマが同じイベントで登場しない。
紅蓮・真影を問わず胸に巻物を挟んだ焔のイラストが掲示されている。 (前作は同様の状態で飛鳥のイラストだったが、Burst収録の真影では焔になった)
体力と忍法ゲージを最大値まで回復する便利なアイテムは『あかひげドリンク二回戦』といい、精力剤(健康食品)である。 前作の発売時にパッケージにキャラクターを描いたコラボ商品があり、Burst発売時もそれに合わせたデザインのものが発売された。 紅蓮・真影とも街やビル街での戦闘中にあかひげ薬局の看板を見る事ができる。
なお、紅蓮と真影ではそれぞれ色が違う(パッケージの色。真影は赤、紅蓮は緑)。