ストーリー分岐 
6日目(FRIDAY)の最後に、ストーリーは4つのルートに分岐します。
進んだルートにより、7TH DAYとLAST DAYの展開、仲間に出来るキャラクター、ラスボス戦第2段階で戦う相手、およびエンディングが変化します。
ルート進出条件について
前作デビルサバイバー1（およびオーバークロック）と異なり、ダイチルート・ヤマトルート・ロナウドルートには、ストーリーの状況に関わらず必ず進むことが出来ます。
ただし、憂う者ルートだけは、特定の条件を満たさないと進むことは出来ません（条件は下記参照）。
仲間メンバーについて
- 各ルートの初期メンバーは縁ステージ関係なしに生きていれば加入する。
- 初期メンバーでないキャラは縁ステージ4以上で説得可能。3以下だと説得が失敗する。
- 憂う者ルートのみ、ダイチとイオは縁ステージに関係なく必ず仲間になる。
イオが死亡している状況で憂う者ルートに進んだ場合は、ヒナコが縁ステージに関係なく必ず仲間になる。
- ロナウドはヤマトルートor憂う者ルートへ進むと、縁ステージに関係なく必ず死亡する。
- ヤマトはロナウドルートor憂う者ルートへ進むと、縁ステージに関係なく必ず死亡する。
- 憂う者は憂う者ルート以外へ進むと、縁ステージに関係なく必ず死亡する。
ダイチルート[共存への土曜日]
- 初期メンバー
志島 大地、新田 維緒、九条 緋那子、鳥居 純吾
ダイチルートは、LAST DAYのイベントの選択肢でさらに2つに分岐する。
- ダイチルートA: 選択肢で「ポラリスを倒す」を選ぶ→ポラリスを倒し、人の手に自由を取り戻す。
- ダイチルートB: 選択肢で「世界を復元」を選ぶ→ポラリスに力を認めてもらい、世界崩壊前まで時間を戻してもらう。
ルートBに進むには、5TH DAY以前に
「ニカイアの謎」「サーバーは何処だ」「悪魔考察」「ターミナルの原理」「情報の在処」を全て見ておく。
5TH DAYの「敵対の真意」「予定調和」でニカイアが未来を見せている訳ではないという情報を得ておく。
6TH DAYで「ラウファーダ」クリア後に出る「概念の世界」で「アカシック・レコード」の存在を知る。
7TH DAYでフミの説得の後に出る「可逆的な発想」で、レコードを書き換えれば時間を崩壊前まで戻せることを把握する。
これを怠ると、話の内容が少し変化して、「世界を復元」の選択肢が無くなりルートAにしか進めなくなってしまうので要注意。
さらに、憂う者を除く12人全員を仲間にしてダイチルートを進めた場合、「大団円」の実績が開放され引継ぎプレイにて300Pもの大量ポイントが得られる。
ルートA, Bのどちらに進んでも構わない。
ヤマトルート[支配への土曜日]
- 初期メンバー
迫 真琴、峰津院 大和、和久井 啓太、菅野 史
ロナウドルート[平等への土曜日]
- 初期メンバー
秋江 譲、伴 亜衣梨、栗木 ロナウド、柳谷 乙女
新たなる世界[変革への土曜日]
条件：憂う者のイベントをこなし4まで上げ、正しい選択肢を選ぶ
1つ目の選択肢は任意でOK
『謝るな』→『それはいけない事？』→『悪じゃないよ』→『そうだ』→
『ポラリスを倒したら？』→『今すぐ考えろ』→『操ってくれ』→『どうなるんだ』→憂う者ルート選択可能に
最初と最後の問以外、違う返答をするとルート消滅
1周目で選ぶと初戦でLv76の魔神シヴァ1体に蹴散らされること請け合いなので、出来れば2周目以降に選んだ方がよい。
勇者の精神継承のミトラとギリメカラを並べれば千烈以外は防げる。
万能属性しかまともに通らない上、物理反射なので万魔の乱舞持ちの悪魔で。
※シヴァの撃破がクリアの必須条件ではない。シヴァから逃げながらそれ以外の敵を倒すマップ。
ヒナコとジュンゴの縁を4にしておかないと、2戦目も2人で戦う羽目になるのでこのルートを選ぶなら4にしておくと楽。
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