ペリッパー島について 
Chapter-3のモグリュー炭鉱前まで進めるとトップメニューから行けるようになる、救助やおたすけポケモンの受け取りなどを行うことができる場所。
シャッターはないため、自分の好きなポケモンの組み合わせで自由にダンジョンに挑戦できる。ただし、超やる気は発生しない。
なお、本編＋クリア後シナリオをクリアするまで主人公とパートナーはペリッパー島からダンジョンに行くことはできず、経験値も入らないので仲間のレベル上げやアイテム稼ぎに活用しよう。
行けるダンジョンは本編で各ダンジョン毎に行った事のある階まで（ダンジョン情報で確認可能）とペリッパーダンジョン。ニャースシアターと１Fがボス戦の場所は行けない。
本編のトレジャーバッグ内の道具は使用出来ないので使いたければ本編に戻りあずかりボックスに預ける必要がある。マジンのつぼはあずかりボックスに預けられないのでフーバの召喚は出来ない。
おたすけポケモン
初めてペリッパー島を訪れると、簡単な性格診断が行われ、その結果により、おたすけポケモンが決まる。
最初に選ばれる３匹は全部で２０通り。
ただし主人公やパートナーが１匹目と被る組み合わせは出ず、２、３匹目が被る場合は同タイプの次世代のポケモンが選ばれる。
（例：主人公がフシギダネで、２匹目か３匹目にフシギダネを含む場合、代わりにチコリータが選ばれる。）
回答例の欄は、それぞれの質問に対して上から何番目の選択肢を選ぶとこの組み合わせになりますよ ということ
（例：１つ目の質問に上から２番目の回答→２つ目の質問に上から５番目→３つ目の質問に上から１番目→最後の質問に上から４番目の回答をすると、表の一番上の組み合わせが選ばれる※主orパがフジギダネの場合を除く）
| １匹目 | ２匹目 | ３匹目 | 回答例 |
| 草１フシギダネ | 炎３アチャモ | 水４ポッチャマ | 2514 |
| 草２チコリータ | 炎４ヒコザル | 水５ミジュマル | 2541 |
| 草３キモリ | 炎５ポカブ | 水６ケロマツ | 4551 |
| 草４ナエトル | 炎６フォッコ | 水１ゼニガメ | 2464 |
| 草５ツタージャ | 炎１ヒトカゲ | 水２ワニノコ | 2414 |
| 草６ハリマロン | 炎２ヒノアラシ | 水３ミズゴロウ | 3116 |
| 炎１ヒトカゲ | 水３ミズゴロウ | 草４ナエトル | 1111 |
| 炎２ヒノアラシ | 水４ポッチャマ | 草５ツタージャ | 1216 |
| 炎３アチャモ | 水５ミジュマル | 草６ハリマロン | 1114 |
| 炎４ヒコザル | 水６ケロマツ | 草１フシギダネ | 1112 |
| 炎５ポカブ | 水１ゼニガメ | 草２チコリータ | 4131 |
| 炎６フォッコ | 水２ワニノコ | 草３キモリ | 1312 |
| 水１ゼニガメ | 草２チコリータ | 炎４ヒコザル | 2431 |
| 水２ワニノコ | 草３キモリ | 炎５ポカブ | 2112 |
| 水３ミズゴロウ | 草４ナエトル | 炎６フォッコ | 3623 |
| 水４ポッチャマ | 草５ツタージャ | 炎１ヒトカゲ | 2113 |
| 水５ミジュマル | 草６ハリマロン | 炎２ヒノアラシ | 2434 |
| 水６ケロマツ | 草１フシギダネ | 炎３アチャモ | 2445 |
| 電＊ピカチュウ | 炎６フォッコ | 草６ハリマロン | 3312 |
| 格＊リオル | 炎６フォッコ | 水６ケロマツ | 3646 |
また、おたすけポケモンは以下のように通常の仲間と扱いが異なる。
- 名前の横に★マークが付く。
- ペリッパー島からの冒険以外では連れていけない(本編では使用不可)。
- レベルは15固定。連れて行っても経験値は入らないし、しあわせのタネ等も無効。
- レベルリセットダンジョンは他のポケモン同様Lv5からスタートとなる。しかし、上記の通り経験値が入らないのは同じであるためレベルアップできず、必然的に難易度は高くなる。
- また、タウリン等のドーピングアイテムも無効。要するにステータスは変わらないし、変えられない。
- ただし、ラピスやオレンのみ、装備品などによる一時的な強化は可能。
- 技の思い出しなども、仲間のリストに表示されないため不可能。
また、一度決まったおたすけポケモンは、ストーリーをクリアしようが全ポケモンとConnectedしようがいなくなることはないし変更することもできない。
おたすけポケモン(すれ違い・インターネット)
すれ違い通信やインターネットに接続して他の人からおたすけポケモンを受け取ることができる。
向かって右側のペリッパーに話しかけることでおたすけポケモンを送ったり受け取ったりできる。
おたすけポケモンのやりとり以外に、受け取ったおたすけポケモンのステータスを確認できる。
- 受け取ったおたすけポケモンは冒険中、ランダムで登場する。
- 登場時、送り主が設定したあいさつを喋る。
- 送り出す際は、他人が不快になるような内容をあいさつに設定するのは控えよう。
- 受け取り側は、ネタバレ防止のフィルターをかけることができる(設定で切り替え可能)。
- 登場した階で共に戦ってくれる。
- ステータスは送り出した時点のものになる。
- 作戦指示は不可能。また、体力の回復等はアイテムを投げ当てることで可能。
- 階段を上る(下りる)とおたすけポケモンは帰っていく。
- おたすけポケモンが倒されてしまった場合、(プチ)ふっかつのタネ等は無効で、そのままいなくなってしまう。
- ペリッパー島での冒険では、パーティーに入れることも可能。
- この場合は作戦指示なども可能になり、リーダーにしたりレンケイを組んだりすることも可能。ダンジョンから脱出するときに帰っていく。
- 技に関しては、送り出す側のものが参照され、使っても自分チームの技の成長度は上がらない。
- 技データの詳細を見ると、ダンジョン外の時とは違い、送り出す側の技データが表示されるのだが、最大PPが自分チームの技のものになっていたり、(送り出す側がガツン系のアイテムを使っていた場合)ゲージが変な方向に伸びていたりする。
- なお、へんしんを持ったポケモンをパーティーに入れて自分チームのポケモンに変身させても、自分チームの技は成長させられない。逆に、自分チームのポケモンがおたすけポケモンに変身した場合は、自分チームの技の成長度が参照され、成長させることも可能になる。
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