ポケモンが進入できる地形を表す移動タイプは陸上、水上、火渡り、空中、通過の5種類。 基本は「水タイプは水上」「炎タイプは火渡り」「飛行タイプと浮遊ポケモンは空中」「ゴーストタイプとダークライは通過」「どれにも該当しなければ陸上」だが例外あり。 移動タイプは、ポケモンの種族ごとに固有に設定されている。 特性や技でタイプを変えたり、トレースやスキルスワップで特性を変えても移動タイプは変化しない。 へんしんで外見を変えても変化しない。
ワナは普段は隠されているが、ワナを踏む、わなみえのたまを使用、めぐすりのタネを使用、 くさのリングルを装備、ワナの隠されたマスに向かって通常攻撃(間に壁の角があっても可)、 の、いずれかをする事によって、普段でも見えるようになる。 ワナにかかりたくない場合は通常攻撃を繰り出しながら進もう。 なお、時々「わなは 作動しなかった!」と出て効果が出ないことがある。
1フロアに長い間留まっていると、やがて吹き飛ばされてしまう。 吹き飛ばされるとダンジョン内で倒れたのと同じ扱いでワイワイタウンに強制送還される。 この時、救助を依頼することは出来ない。 以下のメッセージはその警告である。 ダンジョンシリーズの共通仕様だが、ポケダンだと基本的に説明がないので要注意。 超不思議のダンジョンでは初回に説明が表示される。
ダンジョンにおいて特定の敵ポケモンは技や通常攻撃やアイテムの使用以外にも特殊な行動を取る。 過去シリーズに登場したポケモンでも特殊行動が設定されたポケモンが居るので注意。 特殊行動と元ネタと思われる『風来のシレン』シリーズのモンスターを記す。 技や特性の効果においても元ネタと思わしきモンスターを記す。