ゲームスタート時 
最初の質問が復活。
候補は歴代の御三家+ピカチュウ+リオルの計20種。
さらに、回答によって決められたポケモンが気に入らない場合自由に選択できるようになった。
前作のマグナゲート同様、主人公の性別は選択できないが、代わりにパートナーの性別を選択できる。
仲間ポケモンにニックネームを付ける事ができない
おそらく、野生ポケモンの勧誘が廃止され1種類につき1匹(一部除く)しか仲間にできなくなったためと思われる。
これにより、「以前と比べて愛着が湧かない」という不満を持つ人もいる。
ただし、主人公名・パートナー名・チーム名だけはトップメニューから自由に変更可能。
閉店
今作では仲間ポケモンの顔アイコンがシャッターが閉じたような状態になり、しばらくダンジョンに連れていく事ができなくなる現象が発生する。ただし主人公とパートナーだけはこの状態にならない。
(ゲーム内のメッセージによると「ポケモンにも都合があるから仕方ない」とのこと)
おそらく今作で最も不評な要素。
あやつり状態
「さいみんじゅつ」等で眠っている時に敵ポケモンから技を食らうと起きた時にこの状態異常が発生してしまい、勝手に技を繰り出したり道具を使ってしまったりする。囲まれている時に発生してしまうと悲惨。
シナリオの強制進行
今作は何故かシナリオが強制的に進行してしまい、特定のダンジョンにしか入れなくなるという場面が多数存在する。
ペリッパー島を使えば経験値稼ぎや道具の補充はできるものの、今作では得られる経験値がかなり少なめに設定されており、レベルはなかなか上がらない。
そのおかげで中盤以降は敵との能力差が大きくなってしまい、枝を駆使しての逃げプレイと化す事も有り得る。
「押す」の導入
仲間に向かって方向キー、敵に向かってBボタンを押しつつ方向キーを押すことで、相手を押し出すことができる。
仲間と位置を入れ替える場合は、Bボタンを押しつつ方向キーを押す必要があり、方向キーのみで済んだ従来のシリーズに慣れていると、最初はその違いに戸惑うかもしれない。
慣れれば、モンスターハウスに遭遇した時に仲間を通路に退避させる、敵の溜め技を受けそうな仲間を退避させる等、仲間の保護に大いに役に立つ。
ただし、押す度におなかを消費するため、多用は禁物。
「すばやさ」の導入
技の命中率に関係する。
前述の通りシナリオ中は敵との能力差が激しく、特にすばやさが低いせいでこちらの技が全く当たらないという悲劇が起こりやすくなる。できるだけ優先的に上昇させるべきだろう。
新アイテム「えだ」の導入
効果は敵を硬直させる、HPを入れ替える、行き止まりまで一直線に移動する、など様々。うまく使いこなせば冒険がグッと楽になる。
というか使いこなさないとストーリーをクリアするのは難しい。
つながりオーブ
前作までの掲示板に変わるもので、メニューの中からいつでも呟きや旅をしているポケモンの情報を確認できる。
ただし今作の依頼は全て一度きりであり、前作までのように無限に依頼が湧いたりする事はない。
大陸の移動
ラプラスに乗ることで自由に様々な大陸を行き来する事ができる。
そのため挑戦できるダンジョンの数も非常に多く、その数は100以上にもなる。
技の効果の変更
- 射程10マスだった技の多くは射程4マスになった。ただしハイドロカノンやハイドロポンプ等一部の技は「10マス・貫通」となった。他にも一部の技の射程が変更になった。
- あまいかおり：回避率だけでなく、時々お腹も減らすようになった。
- このゆびとまれ：同じ部屋の敵ポケモンを自分の正面に呼び寄せ、更に味方も呼び寄せて取り囲むようになった。
- めざめるパワー：ダンジョンに入るたびにタイプが変わる。
- じばく・だいばくはつ：自分が「バクダンじょうたい」になり、攻撃を受けると爆発する。
技の効果の変更
なし
チーム編成は3匹まで
今までは最大4匹のチームで行動していたが、今作では3匹のチームで行動することになる。
その代わり、複数のNPCがストーリー中のイベントで同行することがあり、イベントによっては7匹で行動することになる。
尚、今作では味方のAIが非常に優秀になり、見えている罠を避けたり、自分の遠隔技が当たる位置に移動したりするようになった。
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