ゲームスタート時
最初の質問が復活。
候補は歴代の御三家+ピカチュウ+リオルの計20種。
さらに、回答によって決められたポケモンが気に入らない場合自由に選択できるようになった。
前作のマグナゲート同様、主人公の性別は選択できないが、代わりにパートナーの性別を選択できる。
仲間ポケモンにニックネームを付ける事ができない
おそらく、野生ポケモンの勧誘が廃止され1種類につき1匹(一部除く)しか仲間にできなくなったためと思われる。
これにより、「以前と比べて愛着が湧かない」という不満を持つ人もいる。
ただし、主人公名・パートナー名・チーム名だけはトップメニューから自由に変更可能。
シナリオの強制進行
今作は何故かシナリオが強制的に進行してしまい、特定のダンジョンにしか入れなくなるという場面が多数存在する。
ペリッパー島を使えば経験値稼ぎや道具の補充はできるものの、今作では得られる経験値がかなり少なめに設定されており、レベルはなかなか上がらない。
そのおかげで中盤以降は敵との能力差が大きくなってしまい、枝を駆使しての逃げプレイと化す事も有り得る。
「すばやさ」の導入
技の命中率に関係する。
前述の通りシナリオ中は敵との能力差が激しく、特にすばやさが低いせいでこちらの技が全く当たらないという悲劇が起こりやすくなる。できるだけ優先的に上昇させるべきだろう。
新アイテム「えだ」の導入
攻撃時に枝を振るモーションがある等、枝との関連性が強いフォッコ系が追加されたためか。
効果は敵を硬直させる、HPを入れ替える、行き止まりまで一直線に移動する、など様々。うまく使いこなせば冒険がグッと楽になる。
つながりオーブ
前作までの掲示板に変わるもので、メニューの中からいつでも呟きや旅をしているポケモンの情報を確認できる。
ただし今作の依頼は全て一度きりであり、前作までのように無限に依頼が湧いたりする事はない。
大陸の移動
ラプラスに乗ることで自由に様々な大陸を行き来する事ができる。
そのため挑戦できるダンジョンの数も非常に多く、その数は100以上にもなる。
技の効果の変更
プレゼント:HPが減ったポケモンの隣にどこからともなくワープして来て回復させる。
こなゆき:範囲が部屋全体から正面のみに変更。
このゆびとまれ:使ったポケモンの隣に敵ポケモンを引き寄せる。
バトンタッチ:場所を入れ替えたポケモンの能力が上がる。
あまいかおり:回避率だけでなくお腹も減ってしまう。
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