• 条件
    • Chapter-1でセーブした後使用可能となる。
    • メインストーリーの音楽はChapterごとに数曲ずつ解放されていく。
    • マグナゲートの曲各種と過去作のラストバトル曲は調査隊ランクが上がると解放される。
No.曲名備考
1ポケモン超不思議のダンジョン メインテーマ
2トップメニュー
3ようこそ! ポケモンたちの世界へ!
4この星に生きるもの
5なんでいきなりっ!?
6ジョバンとうげ
7シンリョクの森
8ちょっとしたひと時に
9しかたない......
10山を越えて
11タイトルキャッチ
12コノハナの家
13村の子どもたち
14わわわわわっ!!
15おだやか村
16小さなもめごと
17こわそうな森
18奥底にひそむもの
19学校に行こう!
20帰り道
21ヤンチャムとチョボマキ
22おこられる
23モグリュー炭鉱
24せまるきょうふ
25ボスバトル! 子どもたちの冒険!
26心の中の宝物
27パートナーのテーマ
28学校うらの森
29冒険のとちゅうで
30くじけない あきらめない
31ミルホッグ教頭先生のテーマ
32キララ山
33ほのぼの
34おおらかな やさしさで
35どうしよう......
36いったい どこに......?
37カンロ草原
38さすらいのデンリュウ
39ニョロボンリバー
40調査団のあかし
41しずかな夜
42夜の学校のウワサ
43学校の見回りで
44虹の見える橋
45おそろしい影
46青白い火
47いにしえの骨跡
48パートナーのテーマ オルゴール
49テンケイ山
50子どもたちが見送りに……
51旅立ちの時
52キリタッタ山脈
53なだらかな洞窟
54ワイワイタウン
55進め! ポケモン調査団!
56ポケモン調査団 オルゴール
57伝説ボスバトル! ロックバージョン
58風の大陸 パラムタウン
59神秘の森
60石化のなぞ
61せまりくるきょうふ アレンジ1
62立ち向かうのは調査団のほこり
63炎の島の火山
64ボスバトル! 調査団の戦い!
65スカーフのナゾ!? 超進化!
66進化のちから
67対決! カザンのエンテイ!
68この世界で起きていること
69調査団の気持ちは同じ!
70決戦ヶ丘
71奥底にひそむもの アレンジ1
72たいへんだっ!!
73残された古代文字
74なにかが…ちがう……!?
75急襲! イベルタル!
76スベテノポケモンニ告グッ!
77虚無の世界
78ならくの荒野
79悲しみの中で
80シンエン洞窟
81静かな岩場
82虚無の影
83伝説の三聖獣
84天地の山
85奥底にひそむもの アレンジ2
86三聖獣の決意
87たくされた希望
88海中洞窟
89古代遺跡
90失われた記憶の秘密
91生命の木 南の島
92はじまりの森への道
93かれた生命の木
94イベルタルたちとの戦い
95とどく!
96ぼくたちは飛べる!
97ポケモンたちのちから
98生命の木 はこびの千本根
99生命の木 かがやきの幹
100かならず…たおすから!
101ダークマター戦 ファースト
102再生! ダークマター!
103弱くても あがくだけだッ!
104奥底にひそむもの アレンジ3
105あきらめるな
106ダークマター戦 セカンド
107なくならぬ負の感情
108こ…ここは……?
109復活! 生命の木!
110世界が守られたよろこびで
111おだやか村へ帰ろう
112おかえり! そしてありがとう!
113光に包まれて…
114別れの時
115エンディング
116エピローグ
117草の大陸 カピンタウン
118霧の大陸 ノエタウン
119砂の大陸 ラムルタウン
120森と山のささやき救助隊
121海岸の洞窟探検隊
122エレキ平原探検隊
123水晶の洞窟探検隊
124ボスバトル! 列強伝説!
125ペリッパー島
126モンスターハウスだ!
127カクレオンのお店
128わるものだぁ!
129せいれいの砂丘
130ミステリージャングル
131じょうかの洞窟
132無限大ダンジョン1マグナゲート
133無限大ダンジョン2マグナゲート
134無限大ダンジョン3マグナゲート
135Vルーレット!マグナゲート
136伝説との戦いマグナゲート
137でこぼこ山マグナゲート
138まぼろしのでこぼこ山マグナゲート
139石の洞窟マグナゲート
140カゲロウ峠マグナゲート
141カゲロウ峠 高地マグナゲート
142まぼろしのカゲロウ峠マグナゲート
143トントン山マグナゲート
144荒れ果て谷マグナゲート
145シキサイの森マグナゲート
146ドウコクの谷マグナゲート
147ドウコクの谷 奥地マグナゲート
148地脈のはざまマグナゲート
149大氷河マグナゲート
150氷の地下道マグナゲート
151グレッシャーパレスマグナゲート
152グレッシャーパレス 最上部マグナゲート
153ゲノウエア間道マグナゲート
154闇夜の森マグナゲート
155あかつきの山岳マグナゲート
156あかつきの山岳 高地マグナゲート
157イエローキャニオンマグナゲート
158カレカレ草原マグナゲート
159風穴の丘マグナゲート
160まぼろしの風穴の丘マグナゲート
161カエン砂漠マグナゲート
162シアンの迷い道マグナゲート
163シアンの迷い道 最奥部マグナゲート
164グレッシャーパレス 東の塔マグナゲート
165グレッシャーパレス 西の塔マグナゲート
166グレッシャーパレス 大結晶の塔マグナゲート
167キュレム! 宿命の戦い!マグナゲート
168氷触体戦 ファーストマグナゲート
169氷触体戦 セカンドラストバトル(マグナゲート)
170レックウザとの戦いラストバトル(救助隊)
171決戦! ディアルガ!ラストバトル(探検隊)*1


*1 実際はマグナゲート版(探検隊版と左右逆)

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