Operation Javier 2002年
ラクーンシティの事件以来、B.O.W(生物兵器)に絡む事件は一切報告されなかった。 t-ウィルス流出の発端となった製薬会社アンブレラは事実上崩壊し、 世間では事件そのものが忘れ去られようとしていた。
そんな中、司法の目を逃れた元アンブレラの研究者が南米の小国で、 ハヴィエ・ヒダルゴという男と接触を持ったという情報が諜報部から入る。
任務の為、南米に向かったレオンはもう一度あの恐怖と向き合うことになる。